Navelの人気ゲームのアニメ化。神界と魔界のプリンセスに求愛された男子高校生を主人公にしたハーレムアニメ。本作の大きな特徴として、主人公の稟が原作ゲームのメインヒロイン以外と結ばれる結末になっていることが挙げられる。これは当時ファンの間で大変な騒ぎになったようだが(太田は当時のことはよく知らないが、アニメスタッフは「スクールデイズ」でもプレイしたのか?)、「ギャルゲーでメインヒロインでなくても人気が高ければアニメ版で主役になれる」前例を作ったとして他作品のファン(具体的には「D.C.〜ダ・カーポ〜」のことり派）から羨ましがられた。
プリムラを追って魔界に行くオリジナル話もあり、またキキョウやリコリスの話がうまく再現されていて当時原作未プレイだった太田でも純粋にラブコメアニメとして楽しめた。なお衛星放送ということもあり、近年のTVアニメでは珍しく乳首の描写がある（メモリーズでは修正されている）。
SHUFFLE! MEMORIES
WOWWOW版をヒロイン別に再編集して地上波でオンエアした総集編。もっともWOWWOW版を見た人にとってはミュージッククリップとしての価値が高いオープニングと完全新作の最終回しか見るべきものはない。最もその最終回は色気あり、ドタバタあり、ハーレム要素ありと「SHUFFLE!」の性格をよく表したシリーズ最高傑作ともいえる話になっている。